"Jak 3" começa com Jak, Daxter e Pecker sendo expulsos de Haven City. Jogados no deserto que envolve a cidade, o protagonista relembra em flashback o que aconteceu: o lugar foi atacado por Metalheads e o herói é culpado pelo acidente, causando seu banimento. Uma vez nas areais escaldantes ele é encontrado por outros expulsos e é levado para Spargus City, uma pequena vila com pouca tecnologia.
Spargus, diferentemente de Haven, não conta com uma polícia organizada ou tecnologia - permitindo uma maior liberdade para Jak e seus comparsas. Apesar dessa vila ser pequena comparada com Haven City, será possível explorar o deserto - que é cerca de cinco vezes maior que a enorme cidade de "Jak II". Apesar de ser quase todo aberto desde o começo da aventura, essa zona árida está repleta de mercenários - que vão acabar levando seu veículo e armas se você não for cuidadoso.
Com essa enorme área, veículos serão ainda mais importantes para transporte. As duas opções principais, porém, não são levitadores: um largarto gigante, capaz de grandes saltos verticais e planar é uma das escolhas, enquanto uma série de buggies de areia são a alternativa. Além de garantir mais precisão e menos derrapagens que os levitadores, eles são todos únicos (com características de direção próprias) e contam com uma arma montada, que pode ser mirada independentemente da direção.
As mesmas quatro armas marcam sua volta, mas agora cada uma delas terá três versões, na forma de dois upgrades para cada. Para acessar seus poderes maiores, porém, é preciso gastar mais munição - e por isso mesmo seu uso deve ser cuidadoso.
Além de virar uma versão hulkificada de si mesmo como Dark Jak, agora o herói poderá também acessar uma nova forma angelical, que além de permitir vôos curtos, dá direito a um escudo de invencibilidade e até poderes de cura.
A cidade de Haven não ficará permanentemente bloqueada ao jogador: com o início de uma grande guerra, Jak começará a ter acesso a pequenas partes da cidade. Mas ao invés da grande capital do game anterior, Haven está em ruínas, e promete surpreender aqueles que a conheciam com a palma da mão.
