O protagonista do jogo ganha uma nova barra ao lado da energia, que mede sua resistência (pense nisso como o cansaço do herói). Movimentos como andar sem fazer barulho ou nadar consomem mais rapidamente essa barra, que é preenchida quando o herói se alimenta. Com exceção de um item, não é possível recarregar diretamente a energia do personagem, que se regenera mais rapidamente quando a barra está cheia. Falta de resistência ("stamina" no jogo) também acarreta uma série de outros problemas - as mãos de Snake tremem quando ele tenta mirar e seu estômago ronca, chamando atenção dos inimigos.
Para manter o espião bem nutrido é preciso caçar na grande fauna e flora disponíveis nos muitos ambientes da aventura. A caça pode ser morta ou enjaulada - nesse último caso, elas não estragam -, mas você pode levar um número menor delas. Criaturas vivas também podem ser arremessadas contra soldados para assustá-los.
Como o herói passará por florestas, pântanos, cavernas, montanhas, bases militares e outros lugares, ele conta com diferentes camuflagens e pinturas faciais para se mesclar com o ambiente. A maioria dessas cores será encontrada durante a missão (e, eventualmente, através de download - no lançamento, só existem duas disponíveis) e incluem algumas combinações engraçadas, típicas da mente do criador Hideo Kojima.
